Эпизод I

Действие игры начинается в 2499 году, когда в ходе активной колонизации космоса терраны сталкиваются с неизвестными доселе враждебными существами — зергами. При этом Конфедерация, доминирующая в этом секторе политическая группировка терран, отказывает в защите атакованным колониям. Тогда инициативу по защите одной из них, Мар Сары, берет в свои руки местный шериф Джим Рейнор. После того, как люди Рейнора уничтожают заражённый зергами терранский командный центр, представители Конфедерации объявляют Рейнора изменником и арестовывают. На свободу Джима выпускает повстанческая организация «Сыновья Корхала», целью которой является свержение тирании Конфедерации.

В ходе последовавших вооружённых столкновений обнаруживается, что зергов на терранские колонии привлёк пси-излучатель — устройство, которое агенты Конфедерации использовали, чтобы заманить зергов на неугодные режиму колонии. Затем, основные силы Конфедерации должны были вступить в бой с «неизвестным врагом» и «освободить» поражённые миры. Однако, дело приняло неожиданный оборот, когда в бой вступила третья сторона — протоссы. Их флот, оснащённый технологиями, далеко превосходящими терранские, следовал к заражённым зергами колониям терран и подвергал их массированной орбитальной бомбардировке, уничтожая там всё живое.

«Сыновья Корхала» находят планы для производства пси-излучателей, и устанавливают несколько экземпляров на густонаселённых планетах Конфедерации, включая её столицу, Тарсонис. В результате, основные силы и миры Конфедерации были сокрушены нескончаемыми атаками привлечённых пси-излучателями зергов, а оставшиеся терранские поселения перешли под контроль «Сыновей Корхала», выступивших в роли защитников человечества от инопланетной угрозы, и основавших на обломках Конфедерации новый государственный строй — Доминион.

Все это время, командующий флотом протоссов, верховный храмовник «экзекутор» Тассадар, следуя приказу Конклава, выжигал зараженные зергами планеты одну за другой. Однако, во время битвы за Тарсонис, он решил вмешаться и попытался спасти людей, высадив десант на космическую платформу «Новый Геттисберг», на которой располагался главный Улей зергов, с целью уничтожить его и не дать зергам полностью разрушить Тарсонис.

Это шло вразрез с планами лидера «Сыновей Корхала» Арктуруса Менгска, который желал полного уничтожения всего, что стояло на его пути к власти. Он послал на ту же платформу Сару Керриган — свою ближайшую помощницу, с приказом помешать силам протоссов уничтожить зергов.

Посланный Тассадаром десант оказался тактически слабее и отступил, чем воспользовались зерги, атаковавшие позиции терран с тыла. Отряд Керриган был уничтожен после того как Менгск проигнорировал её просьбу об эвакуации.

Эпизод II

Однако, Керриган не погибла, а была захвачена зергами и помещена в кокон, для последующего превращена в агента Сверхразума зергов, которого заинтересовали её выдающиеся телепатические способности.

Джим Рейнор и лояльные ему повстанцы восстали против Арктуруса Менгска и, прорвав блокаду Доминиона, ушли с Тарсониса вслед за Роем зергов, надеясь спасти Керриган. Параллельно, вслед за ним, Арктурус послал с той же целью генерала Эдмунда Дюка во главе Альфа корпуса. Однако, прибыв на главную планету зергов, Чар, экспедиция Альфа корпуса была разбита силами зергов, защищавших кокон с Керриган.

Повстанцев Рейнора победила сама Керриган, в своей новой ипостаси «Королевы клинков» зергов. Однако она сохранила жизнь Рейнору и его оставшимся последователям, позволив им бежать.

Тассадар обнаруживает, что изгнанные в незапамятные времена собратья протоссов, Тёмные храмовники, способны разорвать связь между Сверхразумом зергов и Роем, уничтожая его непосредственных слуг, неуязвимых к обычному оружию (англ. Zerg Cerebrate). Со смертью такого слуги, подчинённые ему солдаты-зерги впадают в бесконтрольную ярость.

Однако, убивая слугу Сверхразума по имени Засз, тёмный храмовник Зератул вошёл в кратковременный ментальный контакт со Сверхразумом, который, благодаря этому, узнал местонахождение родной планеты протоссов, Айура и направил туда Рой. В последовавшем эпическом сражении, высшее руководство протоссов, Конклав, потерпело поражение, и большая часть протоссов была уничтожена. Сверхразум переместил себя в пространстве, и внедрился в кору Аиура, готовясь сделать расу протоссов частью Роя.

Новый экзекутор протоссов (изначально отождествляется с ролью игрока, позже отждествлен с Артанисом) одержал ряд побед над зергами, что не помешало им удвоить свои завоевания. Тассадар, временно вернувшийся с Чара предложил новую тактику (вероятно до событий 2 эпизода, а именно второго сражения между Тасадаром и Кериган) — убивать непосредственно серебрайты зергов.

Праетор Феникс, старый друг Экзекутора сумел пробиться в тыл к одному из серебрайтов и уничтожить его. Естественно, Сверхразум восстановил своего слугу. Конклав признал тактику Тасадара ошибочной а его самого еретиком. В последующих боях пал Феникс. Конклав, решив поискать виновника всех бед, приказал Экзекутору достать с Чара Тасадара, чтобы судить его. Когда Экзекутор пришёл на Чар, он обнаружил там ещё и Рейнора. Тасадар резонно предложил вызволить из разрушенной лаборатории терран Зератула

Вернувшись на Аиур Экзекутор и Тассадар встречают живого Феникса, который теперь киберизирован в качестве драгуна. Джудикатор Алдарис заявлет, что неплохо бы казнить и Тасадара и всех тёмных храмовников. Зератул обиделся, и попросил Экзекутора уничтожить Конклав, что тот и делает.

Это вызывает неудержимый приступ острой жалости, в порыве которой Тасадар отдает себя на суд Алдарису. Тёмный храмовник исчезает, Феникс, Рейнор (починивший свой гиперион и подбодривший своих людей) и Экзекутор решают вызволить своего друга из стазис камеры, полагая что только он может справиться с зергом.

Освобожденный Тасадар (Зератул тут же появляется из ниоткуда, как будто и не исчезал) решает что такова судьба, в тюрьме не отсидеться и надо продолжать борьбу.

Эпизод III

Все вместе дружно атакуют прикрывающих Сверхразум серебрайтов и затем и сам сверхразум. Получивший солидные повреждения в ходе боя флагман Гантритор Тасадар направляет на Сверхразум и пропускает сквозь себя всю мощь светлой и темной энергии темплара. Погибнув сам он уничтожает Сверхразум.